Вълшебната сватба на Шрек и Фиона се провежда без проблеми, но точно когато сияещите младоженци се подготвят да се насладят на блаженото „и заживели щастливо до края на дните си“, внезапната смърт на Краля Харолд прави любимото на всички свадливо чудовище насила подходящо за царската корона. Обезпокоен да научи, че не просто ще царува над Далечното кралство, но и че Фиона очаква малко чудовище, Шрек е решен да намери бунтарския братовчед на Фиона – Арти, истинския наследник на трона, за да може да се концентрира върху бащинството, без да мисли в същото време и за кралството.
Докато Шрек пътува заедно със своите верни спътници Магарето и Котаратък в Чизми, за да намери кръшкача от средновековното училище и да го върне, за да стане крал, красивият Принц Чаровник се връща в замъка в компанията на ужасния Капитан Хук, за да превземе кралството. И докато Шрек прави всичко възможно, за да върне със себе си малкия Артур, Фиона трябва да получи помощ от принцесите Снежанка, Спящата красавица, Рапунцел и Пепеляшка, за да барикадират замъка и да спрат армията от зли герои на принца, до момента, когато съпругът й се върне и ги спаси.