На 7 години Бебел се появява в първия соло албум на майка си “Миуча”, а на 9 участва заедно с нея и легендарния джаз саксофонист Стан Гец на джаз фестивала в Ню Йорк. Отново в Бразилия Бебел записва саундтрака към детския мюзикъл “Ос Салтимбанкос”, което предизвиква голям успех. По-късно Бебел се присъединява към театрална група и става член на откриващата група на концерта “Цирко Воадор” (Летящият Цирк) на плажа Ипанема. В тази група тя се запознава с певеца Казуза, който й става близък приятел и скоро рок звезда в Бразилия през 80-те години.
По това време Бебел започва да пише песни със сътрудници като Де и Казуза, между които песента “Preciso Dizer Que Te Amo” е национален хит, печелейки няколко музикални награди. Първият й соло албум е през 1986 година за Уорнър Мюзик. През 1991 тя се мести в Ню Йорк, където прави концерти в Бруклинската Музикална Академия. Бебел скоро започва да се изявява със своята група в търговската част на Ню Йорк и различни известни сборища.
През 90-те години Бебел сътрудничи с множество музикални звезди като Арто Линдзи, Дейвид Бърн, Това Тей, Каетано Велосо и Чико Буарк. През 1996 тя участва в благотворителния проект срещу СПИН “Ред Хот + Рио”, продуциран от нейния близък приятел и сътрудник Беко Драноф и в компанията на Максуел, Джордж Майкъл и други. По това време тя има и успехи като писателка на песни с международните денс хитове “Technova” и “Batucata” в сътрудничество с продуцентите Това Тей и Арто Линдзи.
Бебел се появява и в саундтрака на филма на Брад Андерсън “Следваща спирка – Страната на чудесата”. През късните 90 години на миналия век тя се мести в Лондон, където започва да развива музиката, присъстваща в одобрения от критиците дебютен албум “Танто Темпо”. В този период среща Суба, талантливия сръбски продуцент, живеещ в Сао Пауло, който в крайна сметка пише и продуцира няколко от песните в този албум.
През 2000 г. албумът й “Танто Темпо” е издаден и се продава в повече от един милион копия по света, получавайки и номинации за 2 награди Грами. Вторият албум на Бебел, “Бебел Жилберто” (2004 г.), среща също много положителни отзиви от критиците, печели MOBO награда във Великобритания и нова номинация за Грами.
Два ремикс албума с песни от предишните два са издадени и много от песните й са включени в компилации и телевизионни филми. Песента й “Lonely” например е включена в сериала Клъцни/Срежи. Песните й “Samba de Bencao”, “Tanto Tempo” и “Mais Feliz” са използвани във филма Отблизо. Бебел обича да обикаля света, носейки своята музика до всички нейни публики.
През 2006 г. Бебел прави дует с Майк Патън върху песента “Caipirinha”, появила се в албума й “Peeping Tom” на 30 май 2006 г.
Бебел е неомъжена и все още живее в Ню Йорк, където е и групата й.
Концерт на Бебел Жилберто във Варна